메시지의 도청 및 변경 등을 방지하기 위해 메시지에 암호화 기술을 적용하는 것. HTTP, SMTP, POP3, IMAP 등의 프로토콜은 자체적으로는 메시지 보안 기능이 없으나, S/MIME, SSL, TLS와 같이 메시지 암호화가 적용된 프로토콜을 사용하면 기밀성과 무결성을 제공할 수 있다. 한 예로 메시지의 본문을 비밀 키를 사용하여 암호화하고 메시지 암호화에 사용된 비밀 키를 받는 사람의 공개 키로 암호화하여 암호화된 메시지와 같이 보내면 메시지를 받은 사람은 자신의 개인 키를 사용하여 암호화된 비밀 키를 해독하고, 해독된 비밀 키로 암호화된 메시지를 해독할 수 있다.